W latach 1994-1997 był dyrektorem Biura do Walki z Przestępczością Zorganizowaną Komendy Głównej Policji. Współtworzył CBŚ. Od września 2000 r. był zastępcą komendanta głównego policji (nadzorował m.in. pracę CBŚ). Z tego stanowiska został w 2003 r. odwołany przez komendanta Leszka Szredera, który tłumaczył tę dymisję tym, że każdy komendant ma prawo dobierać sobie współpracowników. Nieoficjalnie mówiło się, że Rapacki zapłacił stanowiskiem za wykrycie przez CBŚ tzw. afery starachowickiej.

W latach 2004-2006 był I radcą ambasady w Wilnie i oficerem łącznikowym policji na Litwie, Łotwie i Estonii. Od stycznia do września 2006 został małopolskim komendantem wojewódzkim policji.
W listopadzie 2007 objął stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji w rządzie Donalda Tuska, odpowiedzialnego za nadzór nad Policją, Strażą Graniczną i BOR.

3 stycznia 2011 roku na wniosek ministra spraw wewnętrznych Jacka Cichockiego premier Donald Tusk odwołał Rapackiego ze stanowiska podsekretarza stanu w MSW.

Ukończył administrację na Uniwersytecie Łódzkim.