Z wykształcenia choreograf - ukończył uniwersytety w Groznym i Woroneżu. W latach 1981-1990 był aktorem Teatru Dramatycznego im. Paszy Nuradiłowa w Groznym. W tym czasie udzielał się w związkach działaczy teatralnych – zarówno czeczeńskich, jak i rosyjskich. W tym drugim zasiadał we władzach związku.

W 1994 r. powrócił do Czeczenii, gdzie za rządów Dżochara Dudajewa piastował stanowisko ministra kultury. Wiosną 1995 dowodził obroną wsi Gojskoje. W tym samym roku awansowano go na stopień generała brygady i powołano na dowódcę frontu Urus-Martanowskiego. W 1996 r. został doradcą prezydenta Czeczenii Zelimchana Jandarbijewa do spraw bezpieczeństwa oraz sekretarzem rady Bezpieczeństwa Czeczeńskiej Republiki Iczkeria..W latach 1998-2006 był wicepremierem. Jest twórcą agencji informacyjnej CzeczenPress. Od 2000 roku piastuje stanowisko przedstawiciela Iczkerii na zachodzie Europy. .

30 października 2002 roku został aresztowany przez duńską policję podczas Światowego Kongresu Czeczenów w Kopenhadze. Stało się to na prośbę strony rosyjskiej, która podejrzewała go o udział w przygotowaniu ataków terrorystycznych, m.in. zamachu na moskiewski teatr na Dubrowce. Dania odmówiła ekstradycji Zakajewa do Rosji i 4 grudnia 2002 wyszedł na wolność. Zaledwie dzień później Zakajew został kolejny raz aresztowany, tym razem w Londynie. Wkrótce potem został zwolniony za kaucją. W 2003 roku brytyjski sąd zadecydował o oddaleniu rosyjskiego wniosku ekstradycyjnego. W tym samym roku przyznano mu status uchodźcy.

16 września 2010 r. rozpoczął się Światowy Kongres Czeczenów w Pułtusku. Ahmed Zakajew zapowiedział swoje przybycie, mimo ostrzeżeń, że na podstawie międzynarodowego listu gończego strona polska będzie zobligowana do jego przesłuchania. Zakajew zgodził się stawić przed śledczymi. 17 września został zatrzymany przez policję w drodze do prokuratury.