W 1983 r. został sędzią Naczelnego Sądu Administracyjnego. Pięć lat później, z nominacji prezydenta Kenana Evrena, został członkiem Trybunału Konstytucyjnego. Od stycznia 1998 r. był przewodniczącym trybunału.
W 2000 r. Türkiye Büyük Millet Meclisi (Wielka Rada Narodowa Turcji) wybrała go na prezydenta kraju. Zastąpił na stanowisku Süleymana Demirela. W sierpniu 2007 r., gdy dobiegła końca jego kadencja, prezydentem Turcji został Abdullah Gül.
Sezer jest pierwszym prezydentem w historii Turcji, który nie był przywódcą wojskowym ani politycznym. Dał się poznać jako zwolennik świeckości państwa. Między innymi zakazał działalności islamistycznej Partii Dobrobytu. Intensywnie wspierał tureckie dążenia do członkostwa w Unii Europejskiej.