W 1987 roku wstąpił do 9. wydziału KGB zajmującego się ochroną najważniejszych osób w ZSRR. W 1991 roku przeszedł do jednostki zajmującej się osobistą ochroną. Przez kolejne pięć lat ochraniał premiera Rosji Jegora Gajdara, szefa administracji prezydenta Siergieja Filatowa i ministra spraw zagranicznych Andrieja Kozyriewa. W 1996 roku Ługowoj odszedł ze służb.

Przez kilka lat był szefem ochrony telewizji ORT. W 2001 roku został zatrzymany i oskarżony o zorganizowanie ucieczki Nikołaja Głuszkowa, byłego deputowanego i szefa Aerofłotu, oskarżonego o defraudację.

Andriej Ługowoj jest właścicielem firmy Pershing, zajmującej się m. in. ochroną, wartej ok. 100 mln funtów.

Otrucie Litwinienki:

W 2007 roku brytyjska prokuratura oskarżyła Ługowoja o otrucie byłego agenta FSB Aleksandra Litwinienki.

Ługowoj miał spotkać się Litwinienką 1 listopada 2006 roku w londyńskim hotelu Millennium. Wtedy właśnie Litwinience miała została podana herbata z silnie toksycznym izotopem polonu 210.
23 listopada 2006 roku Litwinienko zmarł. Rosyjskie władze odmawiają jednak ekstradycji Ługowoja do Wielkiej Brytanii. On sam nie przyznaje się do winy.