W 1988 r. związał się z Sajudisem, ruchem społecznym działającym na rzecz niepodległości Litwy. Od 1993 r. należy do Związku Ojczyzny, partii powstałej wskutek przekształcenia Sajudisu. Uważany jest za bliskiego współpracownika Vytautasa Landsbergisa, pierwszego prezydenta Republiki Litewskiej. W lipcu 1998 r. został współprzewodniczącym Polsko-Litewskiego Zgromadzenia Poselskiego. Kierował parlamentarną Komisją ds. Europejskich. Od 3 listopada 1999 r. do 9 listopada 2000 r. sprawował urząd premiera Litwy.

W latach 2000-2004 przewodził pozostającej w opozycji frakcji konserwatystów. W kolejnej kadencji Sejmu (od 2004 r.) pełnił funkcje: przewodniczącego frakcji Związku Ojczyzny, przewodniczącego Komisji Spraw Europejskich i wiceprzewodniczącego Sejmu. W wyborach parlamentarnych w 2008 r. po raz kolejny uzyskał mandat poselski. 27 października 2008 r. w imieniu Związku Ojczyzny podpisał wstępne porozumienie o zawiązaniu centroprawicowej koalicji rządzącej (mającej ponad 80 głosów w Sejmie). 17 listopada oficjalnie podpisano porozumienie koalicyjne. 20 listopada prezydent desygnował Andriusa Kubiliusa na urząd premiera Litwy.

W 1979 r. ukończył studia na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Wileńskiego. W latach 1981-1984 był słuchaczem studiów doktoranckich. Od 1984 r. przez 6 lat pracował na Uniwersytecie Wileńskim jako laborant, inżynier i pracownik naukowy.