Andrzej Ananicz po ukończeniu studiów pozostał jako nauczyciel akademicki na macierzystej uczelni, której zresztą pozostaje wierny do dziś (urlopowany był jedynie w latach 1991 - 1995 oraz od 1997 r. na czas pełnienia ważnych funkcji państwowych).
W 1980 r. wstąpił do NSZZ "Solidarność". Do 1991 r. redagował kwartalnik społeczno-polityczny "Obóz" (do 1989 r. w drugim obiegu), poświęcony problematyce krajów Europy Wschodniej. Zakładał go wraz z innymi młodymi pracownikami naukowymi i studentami UW - m. in. Jerzym Targalskim, Kazimierzem Stembrowiczem, Wojciechem Maziarskim, Markiem Pernalem i Janem Malickim. W tym czasie (1982 - 1983) gościnnie wykładał też literaturę słowiańską i filologię polską na stanowym Uniwersytecie Indiana w Bloomington, USA.
Do Ministerstwa Spraw Zagranicznych trafił w czasach ministra Krzysztofa Skubiszewskiego w pierwszej połowie lat 90. Zajmował się krajami Europy Wschodniej m.in. jako dyrektor Departamentu Europy. Kierował też zespołem negocjującym polsko-rosyjski traktat o przyjaznej i dobrosąsiedzkiej współpracy, podpisany w 1992 r.
Od 1994 roku był doradcą do spraw zagranicznych prezydenta Lecha Wałęsy, a następnie podsekretarzem i sekretarzem stanu w Kancelarii Prezydenta, odpowiedzialnym za sprawy międzynarodowe.
Po zwycięstwie Aleksandra Kwaśniewskiego, Ananicz pracował jako wiceprezes zarządu w Fundacji "Instytut Lecha Wałęsy", był też przez rok członkiem pozarządowej Rady Polityki Zagranicznej (1996 - 1997).
W listopadzie 1997 roku został powołany przez premiera Jerzego Buzka na stanowisko sekretarza stanu w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Jako wiceprzewodniczący zespołu negocjował warunki członkostwa Polski w UE (1998 - 2001), i był odpowiedzialny za dwa z 29 rozdziałów negocjacyjnych, a po 11 września 2001 kierował zespołem monitorującym zagrożenie terrorystyczne.
W 2001 został ambasadorem Rzeczypospolitej Polskiej w Turcji.
W sierpniu 2004 r. Marek Belka, pomimo oporu wielu posłów SLD, powołał go na stanowisko szefa Agencji Wywiadu, z którego po zmianie ekipy rządzącej został w listopadzie 2005 r. odwołany przez premiera Kazimierza Marcinkiewicza. PiS zarzucał mu m.in., że w pozwolił na umieszczenie w aneksie do polsko-rosyjskiego traktatu z 1992 r. artykułu zezwalającego na tworzenie polsko-rosyjskich spółek na terenach dawnych baz armii radzieckiej. Twierdził też, że miał on współpracować z prezydentem Lechem Wałęsą i polskimi służbami specjalnymi w inwigilacji prawicy w pierwszej połowie lat 90.
Po dymisji wrócił do pracy w Katedrze Językoznawstwa Ogólnego i Bałtystyki na Wydziale Polonistyki UW. Obecnie znów jest kandydatem stanowisko szefa Agencji Wywiadu w koalicyjnym rządzie PO-PSL Donalda Tuska.

Ananicz jest współzałożycielem Stowarzyszenia Euro-Atlantyckiego, działa też w Polskim Towarzystwie Orientalistycznym.
Zna pięć języków obcych: angielski, niemiecki, rosyjski, turecki, perski.

Był stypendystą Christ Church College Uniwersytetu w Oxfordzie

Magisterium z turkologii i doktorat z iranistyki uzyskany na Wydziale Filologii Obcych Uniwersytetu Warszawskiego