Pracował jako prokurator i radca prawny. W latach 1980-1981 działał w „Solidarności”. Na początku lat 90. był zastępcą, a potem szefem UOP. W latach 1992-1995 pełnił funkcję ministra spraw wewnętrznych. W grudniu 1995 r., ogłosił w Sejmie, że - według informacji UOP - Józef Oleksy utrzymywał kontakty z oficerami radzieckiego i rosyjskiego wywiadu (od 1982 r. do 1995 r.). Kryzys polityczny wywołany ujawnieniem tych informacji doprowadził do dymisji Józefa Oleksego. Zarzuty te nie zostały oficjalnie potwierdzone, natomiast w styczniu 1996 r. prokuratura wszczęła śledztwo przeciwko Milczanowskiemu, (zarzut ujawnienia tajemnicy państwowej), umorzone w 1998 r. Wówczas prokuratura uznała, że minister może odpowiadać tylko przed Trybunałem Stanu. W 2000 r. po odwołaniu Oleksego, sąd nakazał wznowienie śledztwa. W maju 2002 r. prokuratura postawiła Milczanowskiemu formalne zarzuty. Ostatecznie w lutym 2008 r. Milczanowski został uniewinniony. Sąd uznał, że działał w stanie wyższej konieczności.
Obecnie prowadzi wraz z żoną kancelarię notarialną.

Ukończył prawo na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.