Na początku lat 90' pracował w kolejnych spółkach "uwłaszczeniowych" zakładanych przez byłą nomenklaturę PZPR: m.in. Elpol S.A., OŁ Interster S.A., Profis sp. z o.o. W 1994 roku, po wyborczej wygranej koalicji SdRP-PSL, został wojewodą łódzkim. W 1997 r. został posłem z listy SLD. W tym samym roku mianowano go sekretarzem stanu w Ministerstwie Skarbu. Rok później Pęczak został przewodniczącym Rady Wojewódzkiej SLD w Łodzi, z rekomendacji Leszka Millera. W 2001 r. ponownie wybrany do Sejmu, do listopada 2004 przewodniczył Komisji Kontroli Skarbowej. Po ujawnieniu afery w Wojewódzkim Funduszu Ochrony Środowiska w maju 2004 r. oraz kilka miesięcy później sprawy płatnej protekcji i przyjęcia łapówki od Marka Dochnala, stracił w listopadzie 2004 roku immunitet poselski, a następnie został aresztowany. Został też wykluczony z SLD. Na wolność wyszedł na początku stycznia 2007 r. po dwóch latach aresztu, wpłaciwszy 400 tys. zł poręczenia majątkowego.
Zarzuty, jakie postawiła mu prokuratura, dotyczą defraudacji ponad 42 milionów zł z Wojewódzkim Funduszu Ochrony Środowiska oraz przyjęcia 820 tys. zł łapówki od znanego lobbysty Marka D. i jego asystenta, byłego posła KPN Krzysztofa P., m.in. w formie korzystania m.in. z luksusowego mercedesa lobbysty. W zamian za to Pęczak miał im przekazywać informacje m.in. o szczegółach prywatyzacji w branży energetycznej.
Grozi mu kara do 12 lat więzienia.