Arkadiusz Nowak od wielu lat pomaga chorym na AIDS. Lista zasług księdza Nowaka jest długa. W 1990 r. był współzałożycielem pierwszego domu, w którym znaleźli schronienie ludzie zakażeni wirusem HIV. W 1995 r. został doradcą ministra zdrowia ds. AIDS i narkomanii. Działał na rzecz utworzenia Krajowego Programu ds. AIDS. Przyczynił się też do powstania kilku ośrodków dla chorych. Pracuje też w Krajowym Centrum ds. AIDS. W 2000 r. Kofi Annan, sekretarz generalny ONZ wręczył mu nagrodę za przyczynienie się do poprawy sytuacji ludzi zakażonych HIV i chorych na AIDS.
Ks. Arkadiusz Nowak jest też twórcą Res Humanae – Polskiej Fundacji Pomocy Humanitarnej.