Po studiach pracował w branży rolniczej, m.in. jako kierownik Tuczarni Przemysłowej w Tomaszowicach i prezes Zarządu Spółdzielni Kółek Rolniczych w Zielonkach.
Był działaczem pierwszej Solidarności - w latach 1980-84 przewodniczącym NSZZ "S" w Krakowskich Zakładach Mięsnych. Pod koniec lat 80. był radnym gminy Zielonki. Na przełomie lat 80. i 90. związał się z ruchem ludowym. Był między innymi prezesem ZW PSL w Krakowie (1992-2000), wiceprezesem Zarządu Krajowego PSL (1996-97) i członkiem Rady Naczelnej tej partii (1988-2002). W 1993 r. dostał się do Sejmu z listy stronnictwa, piastując między innymi funkcję wiceprzewodniczącego klubu PSL i kierując pracami kilku komisji 9M.in. ds. prywatyzacji i lustracji) Jesienią 2002 r. wystąpił z Klubu Parlamentarnego PSL, a następnie ze Stronnictwa, nie zgadzając się ze stanowiskiem kierownictwa partii ws. sprzedaży warszawskiego STOENu niemieckiemu inwestorowi, a także - jak sam mówi w sprawie polityki wewnątrzkoalicyjnej i stanowiska negocjacyjnego rządu w sprawach członkostwa Polski w UE.
W 2003 r. Pęk został członkiem Ligi Polskich Rodzin zasiadał w jej. Z list LPR dostał się też w 2004 r. do Parlamentu Europejskiego. Pod koniec 2005 r. doszło jednak do konfliktu Pęka z Giertychem i w grudnia 2005 r. były już eurodeputowany LPR wraz z Zygmuntem Wrzodakiem powołał do życia nową partię, Forum Polskie, której jest prezesem. Zmienił też frakcję w europarlamencie z Niepodległości i Demokracji na Unie na rzecz Europy Narodów. Bogdan Pęk reprezentuje radykalne poglądy narodowe. Od lat krytykuje prywatyzację polskich przedsiębiorstw, uważając, że zostały one sprzedane znacznie poniżej ich wartości. Należał także do przeciwników integracji z Unią Europejską.
Jako eurodeputowany jest przeciwnikiem ścisłej integracji prowadzącej do powstania Stanów Zjednoczonych Europy i przekazywania Unii niektórych prerogatyw państwa narodowego.

Magisterium z zootechniki Wyższej Szkole Rolniczej w Krakowie