Na początku lat 80. Bogusław Kowalski związał się z ruchami narodowymi i katolickim.

W latach 1988-1992 pracował w Zakładzie Naukowym Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych w Warszawie. Był członkiem redakcji dziennika "Nowy Świat", a później tygodnika "Myśl Polska" - od 1993 roku jako redaktor naczelny, a od 1997 roku jako przewodniczący Rady Programowej i dyrektora wydawnictwa. Od połowy lat 1990 pracował równocześnie w Radiu Niepokalanów.

W 1997 roku został prezesem Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego, a w 1999 roku Stronnictwa Narodowego. W 2001 roku znalazł się wśród założycieli Ligi Polskich Rodzin. Był członkiem Rady Politycznej LPR oraz wiceprezesem Okręgu Mazowieckiego LPR.

W wyborach samorządowych w 2002 roku zdobył mandat radnego Województwa Mazowieckiego. Był członek zarządu a później wicemarszałkiem Województwa Mazowieckiego.

W październiku 2005 roku został wybrany do Sejmu - uzyskał 6274 głosów. Był wiceprzewodniczącym partii. Od października 2005 roku jest przewodniczącym Komisji Infrastruktury i członkiem Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych.

22 kwietnia 2006 roku założył Ruch Samorządowy, a 27 kwietnia Narodowe Koło Parlamentarne, które weszło w skład koalicji z PiS i Samoobroną. Tego samego dnia wraz z czterema innymi posłami, którzy przystąpili do tworzenia koalicji rządowej, został wykluczony z LPR.
Od maja 2006 do listopada 2007 roku pełnił funkcje sekretarza stanu w Ministerstwie Transportu. W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz kolejny uzyskał mandat poselski, kandydując z listy PiS-u.
Obecnie Bogusław Kowalski jest prezesem Polskiej Unii Samorządowej.

Ukończył studia magisterskie na Wydziale Historycznym, a później studia doktoranckie na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego