W latach 70. współpracował z Komitetem Obrony Robotników, współtworzył Studencki Komitet Solidarności w Krakowie. Jego przyjacielem był Stanisław Pyjas, zamordowany w 1977 roku przez SB. W 1980 roku Wildstein wyjechał do Francji. Był redaktorem miesięcznika "Kontakt" i korespondentem Radia Wolna Europa. Do Polski wrócił w 1990 roku.
W latach 1990-93 był dyrektorem Polskiego Radia w Krakowie. W roku 1994 został sekretarzem redakcji "Życia Warszawy", a w 1996 roku zastępcą redaktora naczelnego założonego przez Tomasza Wołka "Życia", do którego przeniósł się z grupą dziennikarzy. Od 1997 roku był niezależnym publicystą - publikował m. in. "Rzeczpospolitej", "Gazecie Wyborczej", "Nowym Państwie", "Wprost", "Gazecie Polskiej", "Tygodniku Powszechnym", miesięczniku "Znak" i "Res Publice".
W 2001 roku ujawnił tajnego współpracownika SB o pseudonimie "Ketman", którym okazał się jego przyjaciel ze studiów Lesław Maleszka - wówczas dziennikarz "Gazety Wyborczej", dziś adiustator tekstów w tym dzienniku. "Ketman" inwigilował członków krakowskiego SKS, w tym Stanisława Pyjasa.
Będąc publicystą "Rzeczpospolitej" skopiował indeks katalogowy archiwalnych zasobów akt Instytutu Pamięci Narodowej (tzw. lista Wildsteina) i rozpowszechnił go wśród dziennikarzy. W lutym 2005 roku redaktor naczelny "Rzeczpospolitej" Grzegorz Gauden wręczył mu za to wypowiedzenie. Przeciwko zwolnieniu Wildsteina protestowało kilkudziesięciu dziennikarzy "Rzeczpospolitej", pod redakcją dziennika demonstrowało kilkaset osób.
Po odejściu z "Rzeczpospolitej" był publicystą tygodnika "Wprost". Prowadził także program "Bez autocenzury" w TV Puls.
11 maja 2006 roku został jednogłośnie wybrany szefem TVP. Przez cały okres kierowania telewizją publiczną był ostro krytykowany przez wspołkoalicjantów PiS, przede wszystkim przez LPR. 26 lutego 2007 roku został odwołany z funkcji prezesa TVP.
Od 7 maja 2007 roku ponownie komentator polityczny "Rzeczpospolitej".
Od lutego 2008 roku ponownie pracuje w TVP gdzie jest autorem i prowadzącym program Cienie PRL-u.