Wstąpił do PPR zaraz po zakończeniu II wojny światowej.
Od 1945 roku był także funkcjonariuszem organów wywiadu i kontrwywiadu wojskowego. W 1981 roku, przeszedł do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych na stanowisko ministra.
Jako bliski współpracownik generała Wojciecha Jaruzelskiego, był członkiem Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego.
W schyłkowym okresie PRL'u był członkiem Biura Politycznego Komitetu Centralnego PZPR. Uczestniczył w rozmowach Okrągłego Stołu.
Po czerwcowych wyborach 1989 r., w lipcu został desygnowany na premiera. Wobec powszechnego oburzenia, nie utworzył jednak rządu, a w gabinecie Tadeusza Mazowieckiego pełnił funkcję wicepremiera.
Jest jedną z osób odpowiedzialnych za wprowadzenie stanu wojennego i głównym oskarżonym o spowodowanie w grudniu 1981 roku masakry górników w kopalni Wujek.
Generał Kiszczak w 2004 roku został skazany na 4 lata więzienia, jednak w wyniku amnestii karę tę zmniejszono do 2 lat w zawieszeniu. W lutym 2007 roku powinien zakończyć się trzeci proces generała, ale z powodów zdrowotnych rozprawę przełożono.
We wrześniu 2007 roku w Instytucie Pamięci Narodowej został złożony wniosek dotyczący ścigania generała Kiszczaka za wydanie rozkazu rozpoczęcia "Akcji Hiacynt" w latach 1985-1987.
15 lutego 2008 roku IPN wydał oświadczenie, w którym odmówił wszczęcia postępowania przeciw generałowi Kiszczakowi. Według IPN-u "Akcja Hiacynt", zorganizowana przeciw homoseksualistom, była legalna.

Uczestnik kursów w Centralnej Szkole Partyjnej oraz w szkole dla oficerów polityczno-wychowawczych, z której wywodziła się potem Wojskowa Akademia Polityczna im. Feliksa Dzierżyńskiego.

Nie ma matury, absolwent gimnazjum.