Karierę piłkarską rozpoczął jako zawodnik drużyny Gwardii Warszawa. Po udanym debiucie w polskiej ekstraklasie w sezonie 1981-1982 Wdowczyk przeszedł do Legii Warszawa. Był uznawany za jednego z najlepszych zawodników tej drużyny w latach 80.

W 1989 roku piłkarz zasilił szeregi szkockiej drużyny Celtic F. C., w której grał przez następnych 5 sezonów. W 1994 roku przeszedł do Reading F. C. w Anglii a 4 lata później powrócił do Polski. Karierę piłkarską zakończył w 1998 roku jako zawodnik Polonii Warszawa.

Od najmłodszych lat występował w juniorskich reprezentacjach Polski. W latach 1980 i 1981 dwa razy zdobył tytuł Wicemistrza Europy do lat 18. W seniorskiej reprezentacji wystąpił 53 razy i strzelił 2 bramki. Sześciokrotnie zagrał z opaską kapitana.

Na przełomie 1999-2000 roku Wdowczyk został trenerem Polonii Warszawa, z która w 2000 roku zdobył mistrzostwo Polski i Puchar Ligi. Następnie pracował w Orlenie Płock, Widzewie Łódź i trzecioligowej Koronie Kielce. W 2004 roku został trenerem Legii Warszawa, z którą w 2006 roku zdobył swoje drugie mistrzostwo Polski. W kolejnym roku po licznych porażkach Dariusz Wdowczyk został zwolniony ze stanowiska trenera warszawskiej drużyny.

W lipcu 2007 roku został dyrektorem ds. piłki nożnej w szkockim Livingston F. C. W październiku tego samego roku podpisał kontrakt z drugoligową Polonią Warszawa.

28 marca 2008 roku Wdowczyk został zatrzymany przez Centralne Biuro Antykorupcyjne. Dzień później usłyszał zarzuty wręczania łapówek sędziom i obserwatorom, kiedy był trenerem trzecioligowej Korony Kielce w sezonie 2003/04. Nie przyznał się do winy, potwierdził jedynie "niektóre fakty, znane prokuratorom."

Po siedmiu godzinach przesłuchań we wrocławskiej prokuraturze 29 marca i wpłacie poręczenia majątkowego zwolniono go do domu. 15 kwietnia 2008 zarząd Polonii rozwiązał umowę o pracę z Wdowczykiem.