Kariera polityczna
Niemal całe dorosłe życie Stoibera jest związane z polityką. Już na pierwszym roku studiów w 1962 r. zapisał się do studenckiego koła sympatyków chadecji, by po dziewięciu latach wstąpić do cieszącej się w największym poparciem w Bawarii CSU (bliźniaczej partii CDU). wieku 33 lat (1974 r.) został już posłem do bawarskiego landtagu, a cztery lata później Franz Josef Strauss, współzałożyciel i ówczesny szef CSU, zaproponował jego kandydaturę na stanowisko generalnego sekretarza partii. Stoiber organizował później z niezłym skutkiem kampanię wyborczą do Bundestagu (1980 r.), kiedy to z ramienia CDU/CSU na stanowisko kanclerza RFN startował sam Strauss. Wysokie poparcie - 44,5-proc. - nie dało jednak władzy chadekom, bo nie zdołali pozyskać do koalicji FDP, która utworzyła wówczas z SPD rząd kanclerza Helmuta Schmidta. Stoiber pozostał politykiem lokalnym i w 1988 r. został ministrem spraw wewnętrznych Bawarii, a w 1993 r. premierem tego landu.
Na szersze polityczne wody wypłynął w latach 90. Przez dwa lata (1995-1996) był przewodniczącym izby wyższej parlamentu niemieckiego. W 1999 r. został szefem CSU i w kampanii 2002 r. kandydatem CDU/CSU na kanclerza Niemiec. Przegrał jednak z Gerhardem Schroederem. W lutym 2004 Jacques Chirac z błogosławieństwem kanclerza Gerharda Schroedera zaproponował Stoibera na stanowisko przewodniczącego Komisji Europejskiej. On jednak tę propozycję odrzucił. Zrezygnował też z kandydowania na prezydenta RFN na początku 2004. Nie znalazł się też w gabinecie wielkiej koalicji Angeli Merkel, choć był desygnowany na szefa jednego z kluczowych resortów - gospodarki i technologii. Powodem miała być rezygnacja "filara" koalicyjnego rządu, Franza Muenteferinga, z przewodniczenia SPD, po której, zdaniem Stoibera, socjaldemokraci skręcą bardziej na lewo.


Kariera wieloletniego szefa bawarskiego rządu wydaje się obecnie dobiegać kresu. Po aferze związanej z koleżanką partyjną, dr Gabriele Pauli (członek zarządu CSU), która oskarżyła Stoibera o to, że polecił podległemu urzędnikowi szukać na nią kompromitujących materiałów, zapowiedział na 30 września 2007 r. swoją dymisję. Oznajmił też, że nie będzie ponownie kandydował na stanowisko szefa CSU. Pauli od wielu miesięcy ostro krytykowała premiera Bawarii, żądając jego rezygnacji z ponownego kandydowania na stanowisko premiera w bawarskich wyborach w roku 2008 i szybkiego przejścia na polityczną emeryturę. Oskarżyła Stoibera m.in. o dyskryminację kobiet.
Stoiber jest zdeklarowanym przeciwnikiem aborcji. Wspiera roszczenia niemieckich wysiedlonych, zwłaszcza, że jego żona urodziła się w niemiecko-czeskim Bochovie (Buchau) koło Karlowych Varów i zaraz po wojnie została stamtąd wysiedlona przez władze czeskie. Wielokrotnie wygłaszał kontrowersyjne opinie, m.in. że Wschodnie Prusy nieodłącznie należą do Niemiec, żądał też, by Wschodnie Prusy, Śląsk i Pomorze jako euroregiony były zarządzane także przez Niemców.

Doktor nauk prawnych i absolwent nauk politycznych uniwersytetu w Monachium