Polityką zainteresował się jeszcze w czasie studiów. Zaczął spektakularnie – od zorganizowania w 1976 r. koła Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego, którego został prezesem.

Bezpośrednio po skończeniu uczelni rozpoczął pracę w Kombinacie Państwowych Gospodarstw Rolnych w Wojnowie k. Bydgoszczy. Wkrótce został głównym specjalistą ds. produkcji zwierzęcej w dyrekcji kombinatu.
W lipcu 1982 r. objął stanowisko Naczelnika Gminy Warlubie, a sześć lat później zastępcy dyrektora Wydziału Rolnictwa Urzędu Wojewódzkiego w Bydgoszczy.

Na przełomie lat 80. i 90. został członkiem Polskiego Stronnictwa Ludowego. Początkowo Eugeniusz Kłopotek działał w lokalnych strukturach tej partii i regionu - w latach 1990-1993 był dyrektorem Biura Zarządu Wojewódzkiego PSL w Bydgoszczy, a od 1 stycznia 1994 r. był wicewojewodą bydgoskim.

W 1997 r. został po raz pierwszy wybrany posłem na Sejm RP.

Osiem lat (od lutego 2000 r. do lipca 2008 r.) był prezesem Zarządu Wojewódzkiego PSL woj. kujawsko-pomorskiego. W roku 2001 ponownie otrzymał mandat poselski. W 2002 wybrano go na wiceprezesa Naczelnego Komitetu Wykonawczego PSL, a rok później, w marcu 2003 z ramienia Sejmu RP został obserwatorem w Parlamencie Europejskim. Po wejściu Polski do UE, przez kilka miesięcy (od 1 maja do 19 lipca 2004 r.) do wyborów zasiadał w Parlamencie Europejskim, by potem na dwa lata wrócić do zawodu zootechnika; w latach 2006-2007 kierował Zakładem Doświadczalnym Instytutu Zootechniki – Państwowym Instytutem Badawczym w Kołudzie Wielkiej k. Janikowa (Kujawsko-Pomorskie). W wyborach samorządowych w 2006 r. został wybrany radnym Sejmiku Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Rok później ponownie został posłem na Sejm RP. Obecnie jest członkiem Rady Naczelnej PSL i Zarządu Wojewódzkiego PSL.

Oprócz działalności politycznej Eugeniusz Kłopotek jest działaczem sportowym. Był działaczem Zrzeszenia Ludowe Zespoły Sportowe. W 1968 r. został członkiem Zrzeszenia LZS po wstąpieniu do Klubu LZS „GROM” Osie. W 1995 r. został przewodniczącym Rady Wojewódzkiej Zrzeszenia LZS w Bydgoszczy, a od 1999 r. do 2007 roku kierował Kujawsko-Pomorskim Zrzeszeniem Ludowe Zespoły Sportowe.

Wydział Zootechniczny Akademii Techniczno-Rolniczej w Bydgoszczy; tytuł mgr inż. zootechnika.

W 1972 r. ukończył Liceum Ogólnokształcące w Świeciu.

Za swoją pracę zawodową, działalność polityczną, społeczną i sportową otrzymał odznaczenia państwowe i i resortowe w tym m.in.: Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, odznaką „Za zasługi dla sportu”, Złotym Znakiem Związku Ochotniczych Straży Pożarnych, Złotą Honorową Odznaką Zrzeszenia LZS.