2 kwietnia 1950 roku został wyświęcony na kapłana przez kardynała Adama Stefana Sapiehę.
Na początku był wikarym w parafii w Kozach. Po obronie doktoratu był wykładowcą teologii pastoralnej i rektorem w krakowskim seminarium.
Od grudnia 1978 roku był arcybiskupem krakowskim. Święcenia otrzymał od Jana Pawła II - swojego poprzednika.
W latach 80. Macharski wspierał "Solidarność" i bronił opozycjonistów.
Był wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski i przewodniczył Komisji Episkopatu do spraw Apostolstwa Świeckich.
Jest członkiem Kongregacji: ds. Duchowieństwa, ds. Wychowania Katolickiego, ds. Biskupów, ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego oraz Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów. Jest także członkiem honorowym Polskiej Akademii Umiejętności.
W czerwcu 2005 roku zrezygnował z obowiązków arcybiskupa metropolity krakowskiego. Jego następcą został Stanisław Dziwisz.