Na początku swej kariery Gongadze, jeszcze jako gruziński dziennikarz zajmował się konfliktem w Abkhazji. Pracował w kijowskim radiu Kontynent. Od wyborów w 1999 roku jako niezależny dziennikarz sprzeciwiał się reżimowi prezydenta Kuczmy. W kwietniu 2000 roku założył serwis internetowy "Ukraińska prawda", który w bardzo szybkim czasie stał się najbardziej wpływową polityczną stroną internetową na Ukrainie. Ostatni raz Gongadzego widziano żywego 16 września 2000 roku. Ten dzień uznany został za dzień jego pamięci. Ciało Gongadzego odnaleziono w lesie niedaleko Kijowa, ale rodzina odmówiła uznania tego ciała za ciało Georgija. Jego zniknięcie i tragiczna śmierć są uważane za najgłośniejszą zbrodnię polityczną Ukrainy.
Istnieją niepodważalne dowody (tajne nagrania, najprawdopodobniej wykonane przez jednego z oficerów SBU) dokumentujące, że prezydent Leonid Kuczma sugerował oficerom ukraińskiej milicji porwanie Gongadzego. Żona Georgija Gongadze Myrosława wraz z dwójką dzieci uzyskała azyl polityczny w USA.