W wieku 19 lat podjął pracę w banku. W 1940 r. wstąpił do armii holenderskiej, a od 1943 r. był oficerem Ochotniczej Armii Obrońców Państwa Indonezyjskiego, utworzonej przez okupantów japońskich. W czasie II wojny światowej dowodził batalionem wspierającym Japończyków. Służył w holenderskiej armii kolonialnej, od 1945 r. dowodził partyzantką niepodległościową. Od 1949 r. w armii państwowej Indonezji, stacjonował głównie na Jawie. W 1960 r. został zastępcą szefa Sztabu Generalnego, dwa lata później generałem brygady. Należał do frakcji prawicowej w armii. W 1965 roku Suharto jako młody oficer odegrał czołową rolę w obaleniu spisku, przedstawianego jako komunistyczny i usunięciu przez armię pierwszego prezydenta kraju, Sukarno. Rok później Suharto faktycznie przejął uprawnienia szefa państwa. Po raz pierwszy został formalnie wybrany na urząd prezydenta w 1968 r.

Suharto sprawował rządy żelazną ręką. Mimo osiągnięć w dziedzinie porządkowania gospodarki kraju, do historii przeszedł przede wszystkim jako człowiek, który zgromadził wielką fortunę na użytek swojej rodziny. Jego klan opanował kluczowe dziedziny gospodarki i prowadził wszystkie najbardziej dochodowe interesy w kraju. Według prasowych szacunków, w czasie swoich rządów generał i jego rodzina zgromadzili fortunę o wartości wielu miliardów dolarów. Kierował represjami wobec komunistów, zakazał działania związków zawodowych, zerwał stosunki dyplomatyczne z Chinami, utrzymywał natomiast kontakty z krajami zachodnimi, zwłaszcza z USA. W okresie rządów Suharto nagminnie łamano prawa człowieka, tłumiąc demonstracje opozycji. Opierając się na władzy wojskowej, Suharto był wybierany na kolejne kadencje prezydenckie w 1973, 1978, 1983, 1988, 1993 i 1998 roku. Właśnie nepotyzm był jedną z przyczyn fali oburzenia, która ostatecznie zmusiła go do ustąpienia w maju 1998 roku. Kryzys gospodarczy z lat 1997-98, kolosalny spadek wartości rupii i wzrost cen żywności, przyspieszyły procesy polityczne. Doszło do zamieszek. 21 maja 1998 r. Suharto przekazał urząd popieranemu przez siebie wiceprezydentowi Jusufowi Habibiemu. Zaledwie dwa miesiące wcześniej - w marcu 1998 roku - "przez aklamację" został powołany na siódmą kadencję prezydencką.

W sierpniu 2000 roku rozpoczął się proces Suharto, któremu postawiono zarzuty korupcji. Sąd w Dżakarcie uznał jednak, że były prezydent jest zbyt chory, by mógł uczestniczyć w wytoczonym mu procesie o sprzeniewierzenie wielu milionów dolarów. W połowie maja 2006 roku prokuratura generalna Indonezji umorzyła śledztwo przeciwko Suharto z powodu jego złego stanu zdrowia. Na 15 lat więzienia został natomiast skazany we wrześniu 2000 jego syn, Hutomo Mandala Putra (Tommy Suharto). Suharto zarzuca się odpowiedzialność za śmierć od 700 000 do 2 000 000 ludzi, głównie komunistów i Timorczyków.

4 stycznia 2008 roku Suharto trafił do szpitala w Dżakarcie z objawami anemii i niskim ciśnieniem krwi. 11 stycznia jego stan gwałtownie się pogorszył, wystąpiła niewydolność płuc, serca i nerek. Suharto stracił świadomość i został podłączony do respiratora, ze względu na brak możliwości samodzielnego oddychania. Zmarł 27 stycznia 2008 r.

Studiował w holenderskiej akademii wojskowej