W 1949 roku ukończył Egipską Akademię Wojskową. Rok później wstąpił do Akademii Sił Powietrznych, którą również ukończył. W 1972 roku został dowódcą sił powietrznych i zastępcą ministra obrony. W 1975 roku został mianowany wiceprezydentem Egiptu.

Prezydentem został 14 października 1981 roku, po tym jak podczas parady wojskowej 6 października członkowie islamskiej radykalnej organizacji Dżihad, sprzeciwiający się negocjacjom pokojowym z Izraelem, zastrzelili jego poprzednika Anwara Sadata. Jedną z pierwszych decyzji nowego prezydenta było wprowadzenie stanu wyjątkowego, który obowiązuje w Egipcie do dziś i daje rządowi szerokie uprawnienia w zakresie ograniczania swobód cywilnych czy zatrzymywania ludzi bez przedstawienia im zarzutów.

Podczas swoich rządów Mubarak opierał się wprowadzaniu jakichkolwiek znaczących zmian politycznych, nawet pod naciskiem Stanów Zjednoczonych. Jego najważnijeszym sukcesem w polityce zagranicznej było podpisanie układu pokojowego z Izraelem, dzięki któremu Egipt odzyskał kontrolę nad Półwyspem Synaj.

Ostatnie wybory Hosni Mubarak wygrał w 2005 roku. Były to pierwsze wybory od czasu rewolucji, która w 1952 r. obaliła w Egipcie monarchię z udziałem kilku kandydatów. Mubarak powziął zamiar zdemokratyzowania wyborów nie tylko w rezultacie żądań egipskiej opozycji, ale także nacisków USA. Według zasad obowiązujących od lat 50. parlament wybierał jednego kandydata na prezydenta, a Egipcjanie mogli jego kandydaturę przyjąć lub odrzucić w powszechnym referendum. Poprawka do konstytucji z maja 2005 roku ustanowiła bezpośrednie i tajne wybory prezydenckie z udziałem kilku kandydatów - pod pewnym jednak warunkiem: startować mogą jedynie ci, którzy w Zgromadzeniu Ludowym (jednoizbowym parlamencie), Radzie Konsultatywnej oraz w radach gubernatorstw uzyskają przedtem poparcie łącznie 300 zwolenników. Zdaniem opozycji, dzięki temu zapisowi poprawka uniemożliwia prawdziwą rywalizację wyborczą.