W czasie studiów pełnił na uniwersytecie różne funkcje administracyjne. Był najbliższym doradcą założyciela Hamasu szejka Ahmeda Jasina, zabitego przez Izraelczyków w marcu 2004 roku.

W 1992 roku Hanije został deportowany przez władze izraelskie do południowego Libanu, rok później wrócił do Gazy. Był osobą odpowiadającą za kontakty między Hamasem a władzami Autonomii Palestyńskiej, które zdominował Al-Fatah.

W czerwcu 2003 roku Hanije uniknął izraelskiego zamachu na swoje życie.

Jest członkiem biura politycznego Hamasu. W lutym 2006 roku został desygnowany na urząd premiera rządu Autonomii Palestyńskiej.

W czerwcu 2007 roku prezydent Autonomii Palestyńskiej Mahmud Abbas odwołał rząd Hanije i ogłosił w Strefie Gazy i na Zachodnim Brzegu stan wyjątkowy.

Ukończył najpierw oenzetowską szkołę dla uchodźców w Gazie, a w 1987 roku filologię arabską na Uniwersytecie Islamskim w Gazie