W 1990 roku wstąpił do krakowskiej policji. Z komendy rejonowej szybko przeszedł do wydziału walki z przestępczością gospodarczą. Po 9 latach w policji został dyrektorem Departamentu w Generalnym Inspektoracie Celnym.

Po roku wrócił do policji - do zespołu ekonomicznego Centralnego Biura Śledczego.

Kiedy w 2001 roku wiceministrem sprawiedliwości został Zbigniew Ziobro, Wygoda został prokuratorem Prokuratury Rejonowej Kraków-Śródmieście Zachód, a po pięciu latach - prokuratorem rejonowym w Myślenicach.

Od marca 2007 roku pracował w krakowskiej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. 20 marca 2007 roku premier Jarosław Kaczyński powołał Wygodę na stanowisko Dyrektora Biura Lustracyjnego IPN. Wygoda m.in. sprawdza wstępnie prawdziwość oświadczeń lustracyjnych osób publicznych, występuje do sądów w przypadku podejrzenia ich "kłamstwa lustracyjnego" oraz publikuje listy agentów z PRL

Jest absolwentem Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego