Działalność
Od 1987 do 1994 r. działał w samorządzie podwarszawskiej gminy Wesoła. Od 1991 r. był działaczem PC, a od 1996 r. wiceprezesem tej partii. Od 1993 do 1994 roku był dyrektorem Krajowego Zarządu Parków Narodowych w Ministerstwie Ochrony Środowiska.

W wyborach prezydenckich w 1995 r. był szefem Krajowego Komitetu Wyborczego prof. Adama Strzembosza. W wyborach parlamentarnych w 1997 roku kandydował do Sejmu z ósmego miejsca listy AWS w województwie warszawskim, ale nie zdobył mandatu. Został za to w 1997 roku ministrem ochrony środowiska w rządzie Jerzego Buzka, a w 1999 roku sekretarzem stanu w Kancelarii Premiera Rady Ministrów. Był pełnomocnikiem rządu do spraw Konwencji Klimatycznej i prezydentem V Konferencji Stron Konwencji Klimatycznej ONZ.

W wyborach parlamentarnych w 2005 roku kandydował z listy Prawa i Sprawiedliwości. Otrzymał 7042 głosów w okręgu podwarszawskim i zdobył mandat posła. 31 paździenika 2005 roku został ministrem środowiska.

7 września 2007 r. prezydent Lech Kaczyński, na wniosek Prezesa Rady Ministrów, odwołał Jana Szyszko z funkcji ministra środowiska (premier ubiegł w ten sposób debatę i głosowanie nad wnioskiem PO ws. wotum nieufności wobec kilkunastu ministrów) i jednocześnie powołał go na sekretarza stanu i kierownika resortu. Cztery dni później został ponownie powołany na urząd.

Stanowisko stracił 5 listopada 2007 roku po dymisji rządu Jarosława Kaczyńskiego. Była to konsekwencja przegranych przez PiS październikowych wyborów parlamentarnych.
To Szyszko, jako minister środowiska, poparł kontrowersyjny wniosek o dotację z NFOŚ na uruchomienie studiów podyplomowych w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu. Zaprzeczył jednak, jakoby miał tam podjąć pracę, co zarzuciła mu prasa.

W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz drugi uzyskał mandat poselski (PiS).

Jest absolwentem Wydziału Leśnego Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, doktorem habilitowanym nauk leśnych, profesorem Wydziału Nauki o Zwierzętach oraz Ogrodnictwa i Architektury Krajobrazu SGGW, kierownikiem Pracowni Oceny i Wyceny Zasobów Przyrodniczych i kierownikiem Katedry Architektury Krajobrazu. Zajmuje się dynamiką liczebności populacji i regeneracją systemów leśnych.