Uważany za jednego z najlepszych polski dyplomatów, niegdyś mistrz juniorów we florecie i działacz "Solidarności" na UJ, po skończeniu studiów w połowie lat 80. pracował na rodzimej uczelni początkowo w bibliotece (1985-1987), a następnie w Instytucie Historii UJ jako wykładowca (1987-1989).
Do dyplomacji trafił w latach 90. w czasach ministra Krzysztofa Skubiszewskiego. Był sekretarzem ambasady w Pradze (1990-1995), potem ambasadorem w Słowenii (1995-1998), a po powrocie został dyrektorem departamentu Europy w MSZ, kierowanym wówczas przez Bronisława Geremka, i współkształtował polską politykę zagraniczną wobec wszystkich krajów Europy (1998-2001).
Ponad pięć lat (2001-2007) był ambasadorem we Francji, zanim 1 lutego 2007 r. objął stanowisko Stałego Przedstawiciela RP przy Unii Europejskiej, jedno z najważniejszych w polskiej dyplomacji, nazywanego mini-MSZ-em z racji wagi, jaką odgrywa w polityce wobec Unii.
Zna 5 języków obcych: niemiecki, francuski, angielski, słoweński i czeski.
Jan Tombiński jest żonaty, ma dziewięcioro dzieci.

Ukończył historię i filologię germańską na Uniwersytecie Jagiellońskim