Zadebiutował w 1936 roku tomikiem wierszy "Powrót Andersena". Po wybuchu II wojny światowej nakład jego wierszy zaginął. Należał do redakcji "Kuźni Młodych"
Podczas okupacji był żołnierzem Armii Krajowej i walczył między innymi w Powstaniu Warszawskim.

W 1945 roku wstąpił do seminarium duchownego, a 4 lipca 1948 roku przyjął święcenia kapłańskie. Na początku uczył religii w szkole specjalnej.

Po 1945 roku znów zaczął wydawać wiersze, między innymi na łamach "Tygodnika Powszechnego". Przez wiele lat, od 1959 roku był rektorem kościoła sióstr Wizytek w Warszawie, gdzie głosił kazania dla dzieci. Właśnie dzieciom zadedykował dwa zbiory wierszy: "Zeszyt w kratkę" oraz "Patyki i patyczki". Największą popularność przysporzył księdzu Twardowskiemu wydany na początku lat 70. tom "Znaki ufności". W kolejnych latach wydawał zbiory: "Niebieskie okulary", "Rachunek dla dorosłego", "Który stwarzasz jagody", "Nie przyszedłem pana nawracać". Był autorem słynnych słów: "Spieszmy się kochać ludzi, tak szybko odchodzą" rozpoczynających napisany w 1979 roku wiersz "Spieszmy się".

Zmarł 18 stycznia 2006 roku w wieku 90 lat. Został pochowany w krypcie dla zasłużonych Polaków w Świątyni Opatrzności Bożej w Warszawie.

Skończył Gimnazjum im. Tadeusza Czackiego w Warszawie, maturę zdał w 1936 roku. Studiował filologię polską i teologię na Uniwersytecie Warszawskim (ukończył je dopiero w 1947 roku).

1980 - nagroda PEN-Clubu im. Roberta Gravesa za całokształt twórczości,
1996 - dzieci wyróżniły księdza Jana Twardowskiego Orderem Uśmiechu,
2000 - otrzymał nagrodę IKAR,
2001 - nagroda TOTUS, nazywana "katolickim Noblem",
Medal im. Janusza Korczaka,
Nagrody Fundacji Alfreda Jurzykowskiego.