Janusz Kochanowski po uzyskaniu aplikacji sądowej wykładał prawo na Uniwersytecie Warszawskim (1966-1990 i 1997). W 1980 r. wstąpił do NSZZ "Solidarność", do którego należał do 1991 r. Za czasów rządów Tadeusza Mazowieckiego (1989-91) był konsulem generalnym RP w Londynie.
Kochanowski pełnił liczne funkcje eksperckie i doradcze, m.in. był ekspertem Senackiej Komisji Praw Człowieka i Praworządności (1991-95), doradcą Naczelnego Rzecznika Odpowiedzialności Zawodowej Lekarzy (1998-1999), członkiem zespołu przy Prezesie Rady Ministrów d/s oceny tworzenia służby cywilnej (1998) oraz zespołu d/s nowelizacji kodeksu karnego przy Ministrze Sprawiedliwości (2000-2001).
Był też visiting fellow (wykładowcą) na kilku zachodnioeuropejskich uniwersytetach, m.in.: Maxa-Plancka we Freiburgu, Uniwersytetu w Augsburgu oraz The British Academy.
Od 2000 r. był prezesem Fundacji "Ius et Lex" i redaktorem naczelnym magazynu o tej samej nazwie. Publikował także w tygodniku "Wprost".
W styczniu 2006 roku Sejm wybrał, a Senat zatwierdził Kochanowskiego na stanowisko Rzecznika Praw Obywatelskich.
Był zwolennikiem wprowadzenia kary śmierci. Jego oponenci zarzucali mu także między innymi start w wyborach do Parlamentu Europejskiego z listy PiS.
10 kwietnia 2010 roku zginął tragicznie w katastrofie prezydenckiego Tu-154M w Smoleńsku.
* 1985 - "Subiektywne granice sprawstwa i odpowiedzialności karnej",
* 1990 - "Zagadnienia odpowiedzialności za przestępstwa drogowe i przeciwko bezpieczeństwu w komunikacji",
* 1967 - O zbędności teorii przyczynowości w prawie karnym ("Państwo i Prawo"),
* 1991 - Standard "rozsądnego człowieka" w prawie karnym ("Studia Iuridica"),
* 2000 - Prawo karne wobec upiorów przeszłości i wyzwań teraźniejszości ("Studia Iuridica"),
* 2000 - Redukcja odpowiedzialności karnej,
* Model odpowiedzialności karnej ("Gazeta Sądowa" 12/2000),
* 2004 - Rzeczpospolita w trzydziestu odsłonach. Nadzieje i rozczarowania po 1989 roku" (Świat Książki).