W 1980 roku ukończył aplikację prokuratorską. W latach 1980-93 był kolejno: sędzią sądu rejonowego w Rawie Mazowieckiej, sędzią sądu wojewódzkiego w Skierniewicach oraz sędzią Sądu Apelacyjnego w Warszawie. Między 1990 a 1993 rokiem był członkiem Krajowej Rady Sądownictwa.

W 1993 roku zdobył mandat poselski z listy PSL. Od 2004 roku był jednocześnie podsekretarzem stanu w Urzędzie Rady Ministrów, odpowiedzialnym za działalność legislacyjną rządu. Musiał zrzec się mandatu, gdy w 1995 roku został szefem Najwyższej Izby Kontroli. Funkcję tę pełnił do 2001 roku.

Ponownie został wybrany do Sejmu IV kadencji. Został wybrany także wicemarszałkiem izby. Był obserwatorem Parlamentu Europejskiego. W marcu 2004 roku został prezesem PSL.

W wyborach w czerwcu 2004 roku zdobył mandat deputowanego do Parlamentu Europejskiego. Jest w nim wiceszefem Komisji Rolnictwa i Rozwoju Wsi.

W styczniu 2005 roku zrezygnował z funkcji prezesa PSL, po tym jak partia opowiedziała się przeciwko utworzeniu wraz z ZChN i Zbigniewem Religą komitetu wyborczego. Rok później wraz z dwoma innymi politykami został z partii wykluczony. Miesiąc później założyli oni PSL "Piast", którego Wojciechowski został wiceprezesem.

Od 2004 do 2009 roku poseł do Parlamentu Europejskiego.

Ukończył studia na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Łódzkiego.