Grał w klubach warszawskich: Agrykoli, Gwardii, Ursusie i Hutniku. Występował też w barwach pakistańskiego klubu Ravalpindi i kanadyjskiego Toronto Falcons. Nie wystąpił jednak nigdy w reprezentacji Polski.

Pracę trenera rozpoczął w Hutniku Warszawa. Trenował potem m.in. drużyny Pogoni Grodzisk Mazowiecki, Huraganu Wołomin, Hutnika Kraków i Jagiellonii Białystok, z którą w 1987 awansował do ekstraklasy. Odszedł jednak po niezbyt udanym początku sezonu.

Niedługo po ukończeniu studiów zaczął szkolić reprezentację juniorów do lat 16 jako asystent trenera. Pod koniec lat 80. pracował z reprezentacją Polski do lat 18, a w lutym 1989 r. został trenerem młodzieżowo-olimpijskiej reprezentacji Polski, z którą wywalczył awans do turnieju olimpijskiego w Barcelonie w 1992 r., a następnie srebrny medal. Wójcik stał się wówczas faworytem mediów i jednym z głównych kandydatów do zastąpienia Andrzeja Strejlaua na stanowisku selekcjonera reprezentacji Polski. Objął jednak funkcję trenera Legii Warszawa i od razu w pierwszym sezonie zajął ze swoją drużyną pierwsze miejsce w lidze. Po weryfikacji wyników ostatniej kolejki ekstraklasy władze PZPN postanowiły jednak odebrać Legii punkty zdobyte w meczu z Wisłą Kraków, tym samym pozbawiając ją mistrzostwa Polski na rzecz Lecha Poznań. W 1994 r. podjął pracę w Zjednoczonych Emiratach Arabskich, gdzie prowadził reprezentację olimpijską oraz klubowe drużyny Kworfakkan i Al-Khallej.

W 1997 roku po dymisji Antoniego Piechniczka ze stanowiska selekcjonera kadry narodowej i krótkim piastowaniu tego stanowiska przez Krzysztofa Pawlaka, Janusz Wójcik objął stanowisko pierwszego trenera reprezentacji Polski. Kadrę oparł na zawodnikach, z którymi zdobył wicemistrzostwo olimpijskie w Barcelonie. Po nieudanych eliminacjach do Mistrzostw Europy 2000, w 1999 r. Wójcik stracił stanowisko selekcjonera kadry.

Potem był menedżerem w Pogoni Szczecin, trenerem drużyny Śląska Wrocław, cypryjskiej Anorthosis Famagusta i reprezentacji Syrii. W 2004 roku prowadził drużynę Świtu Nowy Dwór Mazowiecki. W 2004 r. został członkiem Wydziału Szkolenia PZPN, by po trzech latach wrócić do pracy trenerskiej. W sezonie 2007 - 2008 prowadził Znicz Pruszków, a później (w 2008 roku) Widzew Łódź, został jednak zwolniony po rozegraniu zaledwie trzech spotkań.

Janusz Wójcik miał też w swoim życiorysie okres kariery politycznej. Przez pewien czas był doradcą szefa Urzędu Kultury Fizycznej i Sportu Sportu Jacka Dębskiego. Później był związany z lewicą. W latach 2001 - 2003 był członkiem Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Podczas gdy szefem rządu był Leszek Miller, Wójcik był członkiem zespołu konsultacyjnego ds. sportu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. W 2005 r. z powodzeniem wystartował w wyborach do Sejmu z okręgu białostockiego z listy Samoobrony RP. W Sejmie objął funkcję przewodniczącego Komisji Kultury Fizycznej i Sportu. W styczniu 2006 r. został zatrzymany za prowadzenie samochodu pod wpływem alkoholu. Dobrowolnie zrzekł się wówczas immunitetu i postanowił poddać się karze. W wyborach w 2007 roku nie został ponownie wybrany do Sejmu. Tuż po nich przystąpił do tworzonej m.in. przez Krzysztofa Filipka Partii Regionów.

22 października 2008 został zatrzymany przez policję na polecenie prokuratora, który według mediów ma postawić mu 11 zarzutów korupcyjnych w związku z jego pracą w Świcie Nowy Dwór w sezonie 2003/04.

Ukończył studia na Wydziale Trenerskim Akademii Wychowania Fizycznego w Warszawie