W 1978 ukończył wydział ekonomii Uniwersytetu Moskiewskiego. Od 1980 był członkiem KPZR i redaktorem działu gospodarczego dziennika KC KPZR Kommunist. W 1990 objął szefostwo działu gospodarczego Prawdy.

W 1991 opuścił szeregi partii komunistycznej i został doradcą Borysa Jelcyna. Jako minister finansów był jednym z autorów terapii szokowej, która poprzez uwolnienie ruchu cen spowodowała gwałtowną drożyznę i drastycznie pogorszyła poziom życia ludności. Udało mu się jednak w znacznym stopniu zredukować deficyt budżetowy. W 1991 został ministrem rozwoju gospodarczego. Od 15 czerwca do 14 grudnia 1992 pełnił obowiązki premiera Rosji. Od września 1993 do stycznia 1994 był pierwszym wicepremierem.

W 1994 założył partię Demokratyczny Wybór Rosji. W 1999 z Anatolijem Czubajsem został współprzewodniczącym Sojuszu Sił Prawicowych. W latach 1999-2003 był deputowanym do Dumy Państwowej. W 2001 doprowadził do połączenia Demokratycznego Wyboru Rosji z Sojuszem Sił Prawicowych. był autorem ponad 100 publikacji naukowych z dziedziny ekonomii.

24 listopada 2006 został prawdopodobnie otruty w czasie swojej wizyty w Irlandii, gdzie promował swoją nową książkę The Death of Empire: Lessons for Contemporary Russia. Komentatorzy wiążą to z niewyjaśnionymi zabójstwami Anny Politkowskiej i Aleksandra Litwinienki. Gajdar w ostatnich latach życia był przeciwnikiem ówczesnego prezydenta, a potem premiera Rosji Władimira Putina.