Przez kilka lat kierował Prokuraturą Rejonową w Sosnowcu, pracował w wydziale przestępczości zorganizowanej Prokuratury Apelacyjnej w Katowicach (m.in. oskarżał w sprawie zabójstwa dwóch policjantów w kafejce internetowej w Czechowicach-Dziedzicach). Był także wiceszefem prokuratury w Krakowie, a od 2005 roku odpowiadał w Prokuraturze Krajowej za informatyzację.

13 stycznia 2006 roku decyzją ówczesnego premiera Kazimierza Marcinkiewicza został zastępcą prokuratora generalnego Zbigniewa Ziobry. Nadzorował tam m. in. wydziały ds. przestępczości zorganizowanej. Przygotowywał też ich nową strukturę, która miała stać się oddzielnym pionem prokuratorskim, zwanym "CBŚ w prokuraturze".
Na początku grudnia 2007 r. minister sprawiedliwości-prokurator generalny Zbigniew Ćwiąkalski odwołał Engelkinga z tego stanowiska. Przyczyną odwołania była utrata zaufania do Engelkinga. W sierpniu zorganizował on multimedialną konferencją prasową, podczas której prezentując materiały operacyjne, dowodził, że szef MSWiA Janusz Kaczmarek spotkał się w lipcu w hotelu Marriott z Ryszardem Krauze.
Tego samego dnia Engelking otrzymał 8 tys. zł nagrody przyznanej przez ówczesnego ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobrę za "wykazaną inicjatywę, sumienne wypełnianie obowiązków oraz szczególne przyczynianie się do wykonywanych zadań służbowych".