Do Gdańska trafił przypadkowo. Wychował się w Płocku, w Warszawie skończył liceum plastyczne i tu próbował dostać się do warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych, ale zabrakło mu kilka punktów. Zaczął więc studia w gdańskiej PWSP z zamiarem przeniesienia się na warszawską ASP po pierwszym semestrze. Poznał jednak przyszłą żonę i pozostał w Trójmieście na stałe.
Kiedy w wybuchł strajk w Stoczni Gdańskiej w sierpniu 1980 r., Jerzy Janiszewski miał 29 lat i był już cenionym grafikiem plakacistą. Jak sam wspomina po latach, dał się wówczas porwać powszechnemu entuzjazmowi i postanowił ofiarować stoczniowcom znak graficzny, z którym będą mogli się identyfikować. Namalowany wówczas pędzlem napis "Solidarność" błyskawicznie zrósł się z rodzącym się wówczas ruchem i obiegł cały świat, stając się jednym z najbardziej znanych znaków graficznych i odmieniając życie jego autora.
W 1981 r., w stanie wojennym Janiszewski wyjechał z Polski, korzystając z zaproszenia na wystawę, które przyszło z RFN. Żonę i małą córeczkę zdołał ściągnąć dopiero dwa lata później, bo wcześniej nie wypuszczano ich z Polski.
Od 1984 r. mieszka w Hiszpanii, w Barcelonie.
Jest cenionym scenografem i grafikiem zajmującym się m.in. projektowaniem plakatów filmowych, koncertowych i teatralnych, typografią oraz projektowaniem czasopism i stron internetowych. W 1981 r. został laureatem Grand Prix Biennale Plakatu w Katowicach.