Po odbyciu aplikacji sędziowskiej Stępień pracował kolejno jako asesor, sędzia Sądu Powiatowego w Kielcach, a od 1975 r. Sądu Rejonowego. W 1979 r. porzucił pracę sędziego na rzecz radcy prawnego.
W 1989 r. został senatorem z listy Obywatelskiego Klubu Parlamentarnego. W parlamencie zasiadał do 1993 r. W tym czasie sprawował funkcje przewodniczącego senackiej Komisji Samorządu Terytorialnego i Administracji Państwowej, członkiem Komisji Konstytucyjnej Senatu oraz Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego, a także przewodniczącymo rządowych zespołów ds. reformy administracji publicznej.
Jest współtwórcą reformy samorządu terytorialnego.
Od 1990 r. do 1993 r. pełnił funkcję Generalnego Komisarza Wyborczego.
W rządzie AWS w latach 1997-1999 był wiceministrem spraw wewnętrznych i administracji. Z rekomendacji tego ugrupowania w czerwcu 1999 r. Sejm wybrał go na 9-letnią kadencję sędziego Trybunału Konstytucyjnego. W listopadzie 2006 r. prezydent Lech Kaczyński powołał go na stanowisko prezesa Trybunału.
Stępień jest autorem licznych publikacji z zakresu administracji publicznej, prawa wyborczego, prawa konstytucyjnego i historii najnowszej. W publicznych dyskusjach często przypomina, że cytat "Polska nierządem stoi", jest wypaczeniem pełnej treści powiedzenia z czasów Rzeczypospolitej szlacheckiej: "Polska nie rządem stoi, lecz prawem i obyczajem".

25 czerwca 2008 zakończył on swoją kadencje sędziego i zarazem prezesa Trybunału Konstytucyjnego. Następca - Bohdan Zdziennicki.

Absolwent Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego.