W latach 1948-1971 Blatter grał w barwach kilku zespołów w szwajcarskiej amatorskiej ligi piłkarskiej, ale w 1964 roku został sekretarzem generalnym szwajcarskiej federacji hokejowej.

Pod koniec lat 60. był dyrektorem działu public relations w firmie Longines, produkującej zegarki. W latach 1970-1975 był członkiem zarządu klubu Neuchatel Xamax. W roku 1972 oraz 1976 był zaangażowany w organizację dwóch kolejnych igrzysk olimpijskich.

W 1975 roku został dyrektorem programu rozwoju FIFA. Sześć lat później komitet wykonawczy federacji powierzył mu stanowisko sekretarza generalnego. W 1990 roku Blatter awansował na pozycję szefa egzekutywy FIFA. Pod jego kierunkiem odbyło się pięć mistrzostw świata - w 1982, 1986, 1990, 1994 i 1998 roku.

W marcu 1998 roku Blatter zgłosił swoją kandydaturę na stanowisko przewodniczącego FIFA. Jego kontrkandydatem był przewodniczący UEFA Szwed Lennart Johansson. W pierwszej turze wyborów Blatter otrzymał 111 głosów na 191 możliwych, co nie dało wymaganej większości. Johansson, który otrzymał 80 głosów, postanowił w tej sytuacji wycofać się z drugiej tury głosowania i Blatter został ósmym w historii przewodniczącym światowej federacji, zastępując Brazylijczyka Joao Havelange'a.

W 1999 roku Blatter został członkiem Międzynarodowego Komitetu Olimpijskiego.

29 maja 2002 roku Blatter wygrał kolejne wybory na prezydenta FIFA. W głosowaniu pokonał Kameruńczyka Issę Hayatou. Blatter otrzymał wówczas 139 głosów, a jego rywala poparło 56 delegatów.

W maju 2007 roku Blatter został wybrany przez aklamację na kolejną kadencję. Był jedynym kandydatem w wyborach przeprowadzonych podczas Kongresu FIFA w Zurychu.

Blatter jest poliglotą. Jego pierwszym językiem jest niemiecki, ale posługuje się także francuskim, angielskim, hiszpańskim i włoskim. Jest rozwiedziony, ma jedną córkę. Do 2008 roku jego partnerką była o 31 lat od niego młodsza Polka Ilona Boguska.

W grudniu 2009 roku został wybrany na kolejną kadencję na stanowisku szefa FIFA.

Ukończył ekonomię na uniwersytecie w Lozannie