Ciągnący się latami proces lustracyjny Jozefa Oleksego ruszył w listopadzie 1999 r. na wniosek ówczesnego rzecznika interesu publicznego Bogusława Nizieńskiego, który uznał, że Oleksy zataił swoją współpracę z Agenturalnym Wywiadem Operacyjnym w latach 70., kiedy był pracownikiem naukowym SGPiS i studiował za granicą. Oleksy tłumaczył, że przeszedł tylko szkolenie jako oficer rezerwy "na czas zagrożenia wojennego w formacji rozpoznania wojskowego" oraz że w 1997 r. został wprowadzony w błąd przez ówczesnego szefa WSI, który twierdził, że lustracja nie obejmuje współpracy z AWO. Sądy I i II instancji ostatecznie nie podzieliły tego stanowiska. Oleksy złożył jednak kasację do Sądu Najwyższego, a ten 31 stycznia 2007 r. uznał, że działał on "w wyniku błędu" i umorzył sprawę. Sąd uwzględnił tłumaczenia Oleksego, uznając, że wprawdzie napisał on nieprawdę w oświadczeniu lustracyjnym, ale nie skłamał.

Z osobą Józefa Oleksego związana była też głośna sprawa "Olina", która wypłynęła w 1996 r. Pod tym pseudonimem miał się, według ówczesnego ministra spraw wewnętrznych, Andrzeja Milczanowskiego, kryć agent szpiegujący na rzecz Rosji i miał nim być właśnie Oleksy. Oskarżenie to nie zostało potwierdzone, jednak Oleksy pod naciskiem otoczenia ustąpił wówczas ze stanowiska premiera.

W wyborach parlamentarnych w 2005 r. Oleksy został niejako zmuszony przez nowe kierownictwo SLD do kandydowania do Senatu. Otrzymał wówczas 39 tys. głosów, ale nie zdobył mandatu. Po porażce skupił się na pracy wykładowcy akademickiego. Jest profesorem i dziekanem Wydziału Stosunków Międzynarodowych Akademii Finansów oraz wykładowcą Szkoły Głównej Handlowej.

Po 1989 r. rozpoczęła się błyskotliwa kariera Oleksego kontynuowana mimo pojawiających się oskarżeń o współpracę agenturalną a nawet o szpiegostwo. Józef Oleksy pełnił wysokie funkcje zarówno w aparacie partyjnym Socjaldemokracji Rzeczpospolitej Polskiej, a następnie Sojuszu Lewicy Demokratycznej oraz w parlamencie i rządzie III RP.

Był kolejno: posłem, marszałkiem Sejmu (1993-1995) i wiceprzewodniczącym Rady Naczelnej SdRP, premierem (od marca 1995 r. do stycznia 1996 r.), reprezentantem Sejmu w Konwencie Unii Europejskiej, przygotowującym reformę unii (w 2002 r.), wicepremierem i szefem MSWiA (w 2004 r.), od kwietnia 2004 do stycznia 2005 ponownie marszałkiem Sejmu i od stycznia do maja 2005 r. przewodniczącym SLD.

Do PZPR wstąpił jeszcze na studiach w 1968 r. Pełnił nawet funkcję sekretarza Komitetu Uczelnianego PZPR w SGPiS. Aktywnie udzielał się też w wielu organizacjach, m.in. SZSP. Na lata 70. przypada też trwająca 8 lat współpraca Oleksego z wojskowym Agenturalnym Wywiadem Operacyjnym. Od 1977 r. w KC PZPR. W 1987 r. objął funkcję I sekretarza Komitetu Wojewódzkiego partii w Białej Podlaskiej, pełnioną do 1989 r. Brał udział w rozmowach Okrągłego Stołu po stronie rządowej. W 1989 r. został na krótko powołany na stanowisko ministra - członka Rady Ministrów ds. współpracy ze związkami zawodowymi.

W marcu 2007 r. tygodnik "Wprost" ujawnił nagrania przeprowadzonych pół roku wcześniej rozmów Oleksego z biznesmenem Aleksandrem Gudzowatym. Zarzucił w nich m. in.: Aleksandrowi Kwaśniewskiemu, że w sposób nielegalny uzyskał część swojego majątku i że nie jest w stanie udokumentować źródeł jego pochodzenia, Markowi Borowskiemu, że fałszował wydatki na kampanię wyborczą SdPl, synowi Leszka Millera - przyjmowanie łapówek. Krytycznie wypowiadał się też o innych politykach lewicy. Sam zapowiadał podczas rozmów swój powrót do czynnej polityki, jednak ujawnienie taśm pokrzyżowało te plany: Oleksy najpierw został zawieszony w członkostwie w SLD, a później sam z niego zrezygnował.

Przed wyborami parlamentarnymi w 2007 r. Oleksy zastanawiał się nad startem z list Samoobrony, jednak ostatecznie tylko doradzał tej partii.

W styczniu 2008 r. Oleksy pozwał "Wprost" za opublikowanie taśm ze swoimi rozmowami. Były premier domaga się wycofania nagrania z naszych stron internetowych, przeprosin i zadośćuczynienia za poniesione szkody.

Absolwent Wydział Handlu Zagranicznego w Szkole Głównej Planowania i Statystyki w Warszawie; obronił doktorat z ekonomii.