Święcenia kapłańskie przyjął w 1959 r. Był wikariuszem w Poznaniu i Ostrowie Wielkopolskim. W latach 1967-1976 pracował w Sekretariacie Synodu Biskupów w Rzymie. Później został mianowany prałatem antykamery papieskiej. Współpracował z trzema papieżami: Pawłem VI, Janem Pawłem I i Janem Pawłem II. W 1982 r. został biskupem łomżyńskim, a w 1996 r. arcybiskupem poznańskim. Jest członkiem Rady Stałej Episkopatu Polski.
W końcu 1999 klerycy poinformowali władze kościelne, że abp Paetz próbuje ich molestować (później pojawiły się informacje, że arcybiskup molestował księży i kleryków już wcześniej, kiedy był jeszcze biskupem łomżyńskim).
W związku z rozgłosem medialnym 28 marca 2002 arcybiskup Paetz złożył rezygnację, zastrzegając, że zarzuty o molestowaniu przez niego księży i kleryków były "nadużyciem jego dobroci i spontaniczności". Osobom, które korzystając z kościelnych procedur zdecydowały się zaprotestować przeciw postępowaniu poznańskiego metropolity, zarzucił próbę "zniszczenia go".
Papież Jan Paweł II przyjął rezygnację Paetza bez komentarza.
Od chwili dymisji abpowi nie wolno sprawować posługi biskupiej (udzielać sakramentu bierzmowania, wyświęcać kapłanów czy konsekrować kościoły i ołtarze) na terenie diecezji poznańskiej. Zakaz nie obowiązuje poza diecezją oraz w przypadku gdy arcybiskup nie jest głównym biskupem udzielającym sakramentów (może pomagać innemu biskupowi).
Ku zaskoczeniu wiernych, w 2007 r. abp Paetz wspólnie z innymi biskupami, koncelebrował mszę z okazji Środy Popielcowej.
Ksiądz Tadeusz Isakowicz-Zaleski w swojej książce "Księża wobec bezpieki" zarzucił abp. Paetzowi współpracę z SB.

Papieski Uniwersytet św. Tomasza "Angelicum" w Rzymie

Studiował na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim

Studiował na katolickim Uniwersytecie Lubelskim

Jest doktorem teologii. Studiował w Arcybiskupim Seminarium Duchownym w Poznaniu