Po studiach pracował jako prokurator w Trójmieście. Był prokuratorem rejonowym w Gdyni, a następnie prokuratorem wojewódzkim w Gdańsku. Kierował Wydziałem Śledczym w Prokuraturze Okręgowej w Gdańsku, później był też rzecznikiem prasowym Prokuratury Okręgowej w Gdańsku. W tamtych latach współpracował z późniejszych prokuratorem krajowym i szefem MSWiA Januszem Kaczmarkiem.

Brał m.in. udział w rozbiciu jednego z najgroźniejszych gangów terroryzujących Trójmiasto - tzw. gangu Wróbla. Był też rzecznikiem prasowym prokuratury. Pod koniec 2005 roku trafił do Warszawy. Najpierw został zastępcą prokuratora apelacyjnego, a we wrześniu 2006 roku - dyrektorem biura ds. przestępczości zorganizowanej w Prokuraturze Krajowej.

12 lutego 2007 roku na prośbę szefa MSWiA Janusza Kaczmarka premier Jarosław Kaczyński powołał Kornatowskiego na Komendanta Głównego Policji. Na stanowisku tym zastąpił Marka Bieńkowskiego.

Media przypomniały wówczas zawarte w tzw. raporcie Rokity (sprawozdaniu komisji nadzwyczajnej do zbadania działalności MSW, działającej w latach 1989-91) informacje, że Kornatowski mógł być zamieszany w ukrywanie zabójstwa Tadeusza Wądołowskiego na posterunku MO w 1986 r. Rokita stwierdził w jednym wywiadów, że "Kornatowski wbrew wszystkim procedurom, wbrew Kodeksowi postępowania karnego, spotkał się z ekspertem od sekcji zwłok i kazał mu sfabrykować dowód, że bicie [przez policjantów] nie ma związku ze śmiercią" Wądołowskiego.

8 sierpnia 2007 r. Kornatowski podał się do dymisji, w związku z odwołaniem z funkcji szefa MSWiA Janusza Kaczmarka.

30 sierpnia 2007 roku Kornatowski został zatrzymany przez ABW.

W 1984 roku ukończył Wydział Prawa Uniwersytetu Gdańskiego.