W latach 80. działał w Niezależnym Zrzeszeniu Studentów. W stanie wojennym należał do struktur podziemnych NZS i NSZZ "Solidarność", jako drukarz, kolporter i redaktor pism. Zimą… 1983 r. został aresztowany za naruszenie dekretu o stanie wojennym. Z więzienia wyszedł po sześciu miesiącach. Kontynuował studia, następnie uczył historii. W latach 1988-1990 był asystentem w Instytucie Historii PAN w Warszawie. W 1990 roku objął funkcję szefa białostockiej delegatury UOP. W 1996 r. został odwołany "za przecieki" przez ówczesnego szefa MSW Zbigniewa Siemiątkowskiego. Następnie pracował w Katolickim Stowarzyszeniu "Civitas Christiana" i był doradcą… Rady Miejskiej Białegostoku. Po wyborach 1997 r. począ…tkowo był doradą… ministra-koordynatora służb specjalnych Janusza Pałubickiego, potem przeniósł się do MSWiA - resortu kierowanego przez Janusza Tomaszewskiego. Został tam wiceministrem - szefem Departamentu Nadzoru i Kontroli, a od 28 lipca 1999 r. nadzorował także Departament Zezwoleń i Koncesji, Krajowe Centrum Informacji Kryminalnej oraz Zespół do Współpracy z Biurem Rzecznika Interesu Publicznego (tzw. zespół ds. lustracji, który przekazywał wszystkie dokumenty z Centralnego Archiwum MSW potrzebne w procesie lustracyjnym).
28 sierpnia 1999 r. Jarosław Kurski opublikował artykuł, w którym pojawiły się zarzuty, że przy zbieraniu i przesyłaniu rzecznikowi materiałów lustracyjnych resort spraw wewnętrznych gromadzi informacje z archiwów peerelowskiej milicji, mogące kompromitować polityków. Wówczas odwołania Bondaryka zażądała UW, a premier Buzek zwrócił się do MSWiA o wyjaśnienie zarzutów. W tym samym czasie nadzór nad MSWiA przejął Janusz Pałubicki, który zlikwidował zespół ds. współpracy z RIP i stanowisko zajmowane przez Bondaryka. Od 1 czerwca 2003 r. do września 2005 r. Bondaryk był członkiem Rady Krajowej Platformy Obywatelskiej.
Po odejściu ze służby państwowej Bondaryk pracował w sektorze telekomunikacyjnym i bankowym (był m.in. pełnomocnikiem Polskiej Telefonii Cyfrowej ds. ochrony informacji niejawnych). W latach 2006-2007 był ekspertem Sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych.

16 listopada 2007 r., decyzją… premiera Donalda Tuska został p.o. szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. 18 stycznia 2008 r. premier powołał Bondaryka na stanowisko szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego

Jest żonaty. Ma dwoje dzieci. Interesuje się historią… najnowszą… i wędkarstwem.

Ukończył Wydział Humanistyczny i Wydział Prawa Uniwersytetu Warszawskiego (filia w Białymstoku, obecnie Uniwersytet w Białymstoku)