W 2001 roku został wybrany z listy Samoobrony do Sejmu 16180 głosami. Od października 2001 przewodniczył Komisji Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa. Był również członkiem Komisji Równego Statusu Kobiet i Mężczyzn, oraz Komisji Nadzwyczajnej do spraw zmian w Regulaminie Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej.

W 2005 roku został ponownie wybrany do Sejmu, również z listy Samoobrony, 16515 głosami. W V kadencji także przewodniczy Komisji Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa.

30 października 2006 roku premier Jarosław Kaczyński powołał Filipka na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. Z funkcji tej został odwołany 13 sierpnia 2007 r. po zerwaniu przez PiS koalicji z LPR i Samoobroną.

Wkrótce po wyborach wraz z m.in. Danutą Hojarską opuścił Samoobronę, zapowiadając stworzenie nowego ugrupowania politycznego o nazwie Partia Regionów (zawiązana 24 listopada 2007 roku, zarejestrowana sądownie 25 lutego 2008 roku), w którym objął stanowisko p.o. prezesa.

Wykształcenie średnie zawodowe, ukończył Zespół Szkół Ekonomicznych