Syn Jorge Messiego, pracownika fabryki oraz Celii, pracującej na pół etatu jako sprzątaczka. Rodzina piłkarza ze strony ojca pochodzi z włoskiego miasta Ancona, skąd jeden z przodków, Angelo Messi, wyemigrował w 1883 do Argentyny.

Mając pięć lat, Messi zaczął grać w piłkę w lokalnym zespole Club Grandoli, który to prowadził jego ojciec, Jorge. W 1995 dołączył do Newell's Old Boys. W wieku 11 lat zdiagnozowano u niego karłowatość przysadkową. River Plate zainteresowało się pozyskaniem młodego zawodnika, jednak klubu nie było stać na leczenie, którego miesięczne koszty wynosiły 900 dolarów. Ojciec piłkarza skontaktował się więc ze skautami FC Barcelona, którzy po obserwacji gry Messiego zgodzili się opłacać koszty kuracji.

Messi razem z rodziną przeprowadził się do Hiszpanii i zaczął występować w młodzieżowych drużynach klubu. W pierwszej drużynie zadebiutował 16 listopada 2004 w meczu towarzyskim z FC Porto. 16 października tego samego roku Messi wystąpił po raz pierwszy w Primera División, w wygranym 1:0 derbowym spotkaniu z RCD Espanyol. W czasie występu miał 17 lat i 114 dni. 1 maja 2005 w meczu z Albacete Balompié, Messi zdobył swojego pierwszego gola w lidze. 26 września 2005 roku Messi uzyskał hiszpańskie obywatelstwo.

Przełom w jego karierze stanowił sezon 2006–2007, kiedy to wywalczył miejsce w podstawowym składzie FC Barcelona, zdobył trzy bramki w meczu z Realem Madryt i zakończył rozgrywki z 26 występami i 14 strzelonymi golami. W sezonie 2008-2009 Argentyńczyk zdobył 38 bramek i odgrywał kluczową rolę w zespole, który zdobył trzy najważniejsze puchary.

Messi z sześcioma golami został królem strzelców Młodzieżowych Mistrzostw Świata 2005. Krótko po tym stał się podstawowym zawodnikiem pierwszej reprezentacji. W 2006 był najmłodszym piłkarzem w kadrze, która wzięła udział w Mistrzostwach Świata 2006, zaś rok później zajął z drużyną drugie miejsce na Copa América. Na Igrzyskach Olimpijskich w Pekinie odniósł swój pierwszy triumf z reprezentacją, zdobywając złoty medal. Był też finalistą mistrzostw świata w 2010 roku.