W latach 90. kierował kontrwywiadem Urzędu Ochrony Państwa.

W styczniu 2000 roku kierowany przez Hunię kontrwywiad rozpracował funkcjonującą przy ambasadzie Rosji w Warszawie rezydenturę Służby Wywiadu Zagranicznego i wydalił z Polski 12 szpiegów rosyjskich, którzy działali pod przykryciem dyplomatycznym.

Po powołaniu ABW był członkiem komisji rozpatrującej odwołania byłych funkcjonariuszy UOP od decyzji o zwolnieniach ich podczas likwidacji służby.

Na stopień generała awansował go premier Leszek Miller.

W 2004 roku kierowany przez Hunię kontrwywiad ABW dokonał prowokacji wymierzonej w sejmową komisję śledczą ds. PKN Orlen i zatrzymał pod zarzutem podejrzenia szpiegostwa Marcina Tylickiego asystenta szefa komisji śledczej posła Józefa Gruszki z PSL.

Latem 2007 roku Hunia odszedł z ABW do Agencji Wywiadu. Był przedstawicieleem tej służby w Czechach.

W grudniu 2007 roku został p.o. wiceszefa Służby Wywiadu Wojskowego. W styczniu 2008 roku został szefem SWW. Zastąpił na tym stanowisku płk. Andrzeja Kowalskiego. Według przedstawicieli Kancelarii Prezydenta, powołanie przez premiera Donalda Tuska szefa Służby Wywiadu Wojskowego odbyło się "ze złamaniem przepisów proceduralnych" i jest "niezgodne z prawem", ponieważ nastąpiło zanim prezydent wydał opinię w tej sprawie. 3 czerwca 2008 r. Hunia został p.o. szefem Agencji Wywiadu.