Był naczelnikiem Centralnego Biura Śledczego w Bielsku-Białej. Prowadził liczne śledztwa, głównie przeciwko mafii węglowej.

W lutym 2007 roku, gdy tekę ministra MSWiA odebrał Janusz Kaczmarek, spekulowano, że Stańczyk zostanie szefem CBŚ. Stanowisko otrzymał jednak Jarosław Marzec. Miesiąc później, 8 marca 2007 roku, Stańczyk został nominowany na zastępcę dyrektora CBŚ.

9 sierpnia 2007 roku Jarosław Marzec został odwołany ze stanowiska szefa CBA w związku z domniemanym przeciekiem ws. "afery gruntowej" w ministerstwie rolnictwa. Stańczyk został powołany na stanowisko pełniącego obowiązki dyrektora CBŚ. 21 sierpnia 2007 r. został szefem CBŚ.