Marek Antoni Nowicki współzakładał Komitet Helsiński w Polsce. W latach 1990-1993 był członkiem Komitetu Wykonawczego Międzynarodowej Federacji Helsińskiej w Wiedniu. Zasiadał w Europejskiej Komisji Praw Człowieka w Strasburgu. W kwietniu 2000 r. był kandydatem Unii Wolności na stanowisko polskiego rzecznika praw obywatelskich. Zrezygnował z ubiegania się o urząd, gdy okazało się, że nie będzie wspólnym kandydatem koalicji AWS-UW. W tym samym roku został międzynarodowym rzecznikiem praw obywatelskich w Kosowie.
Pełnił tę funkcję do końca 2005 r. Od roku 2003 do lutego 2008r. był prezesem Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka w Polsce. Dwukrotnie był jednym z kandydatów do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka, zaś w 2005 – kandydatem na stanowisko Komisarza Praw Człowieka. W latach 2003 - 2006 był powołanym przez Komisję Europejską członkiem z ramienia Polski Sieci Niezależnych Ekspertów Unii Europejskiej ds. Praw Podstawowych.
Od stycznia 2008r. jest przewodniczącym Komisji Doradczej ds. Praw Człowieka w Kosowie ( UNMIK Human Rights Advisory Panel.
Autor wielu książek i artykułów o prawach człowieka publikowanych w Polsce i zagranicą. Wykładowca w Collegium Civitas w Warszawie.