Absolwent wydziału cybernetyki Wojskowej Akademii Technicznej oraz podyplomowego Studium Służby Zagranicznej przy Państwowym Instytucie Spraw Międzynarodowych. Przyznał również, iż był szkolony przez sowiecki wywiad wojskowy GRU (Glawnoje Razwiedywatielnoje Uprawljenie)

Był oficerem wywiadu wojskowego PRL i III RP. W latach 80. brał udział w operacjach wywiadowczych na terenie Stanów Zjednoczonych oraz Izraela. Pracował w II zarządzie Sztabu Generalnego Wojska Polskiego oraz WSI. W latach 1992 - 1997 był głównym specjalistą tych ostatnich.

W roku 1997 dostał nominacje na stanowisko podsekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego. Został oddelegowany do pracy w Biurze Bezpieczeństwa Narodowego. Funkcję tę sprawował do 2001 roku, kiedy to został szefem Wojskowych Służb Informacyjnych.

W 2006 roku podjęto decyzję o likwidacji WSI, której przewodził Antoni Macierewicz. Dukaczewski pozwał go do sądu za stwierdzenia, że w WSI dochodziło do przestępstw, za które jednym z głównych odpowiedzialnych jest właśnie generał.

Pod koniec lutego 2007 r. Dukaczewski odszedł z armii, gdyż nie otrzymał propozycji objęcia żadnego stanowiska, a maksymalny czas przebywania w rezerwie kadrowej MON wynosi 2 lata. Marek Dukaczewski znajdował się w niej od grudnia 2005 roku.