W latach 1972 - 1981 pracował jako asystent na Wydziale Matematyki i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 60. współtworzył studencki ruch alpinistyczny w Polsce, a w latach 70. był prezesem Federacji Akademickich Klubów Alpinistycznych i członkiem Zarządu Polskiego Związku Alpinizmu. Był też autorem kilkunastu nowych dróg wspinaczkowych.
Działacz "Solidarności"; przewodniczący Komisji Mediacji Regionu Mazowsze NSZZ Solidarność (1980 - 1981), a następnie szef Zespołu ds. Technicznej Organizacji Akcji Protestacyjnych Regionu Mazowsze (1981 r.). Internowany 13 grudnia 1981 r. przebywał w więzieniach w Białołęce, Załężu i w Kielcach-Piaskach do 7 grudnia 1982 r. W latach 80. założył podziemną oficynę wydawniczą Neutrino i redagował kwartalnik "Praworządność. Pisma o prawie i bezprawiu".
W grudniu 1982 r., tuż po wyjściu na wolność, wraz z grupą innych intelektualistów zaczął organizować podziemny Komitet Helsiński w Polsce. Był współautorem jego pierwszych raportów dla Konferencji Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie na temat naruszeń praw człowieka. Po upadku komunizmu w Polsce Komitet przekształcił się w kierowaną przez Nowickiego Helsińską Fundację Praw Człowieka.
Marek Nowicki był uznawanym ekspertem w dziedzinie praw człowieka - wielokrotnie powoływanym przez organizacje międzynarodowe, takie jak OBWE czy ONZ, oraz przez komisje obu izb polskiego parlamentu.
Twórca i realizator licznych programów edukacyjnych dla działaczy organizacji pozarządowych i pracowników instytucji państwowych (m.in. biur ombudsmana) z krajów WNP. Wykładowca oraz autor wielu publikacji i scenariuszy filmów na temat historii i filozofii praw i wolności człowieka.