Marek Perepeczko w młodości chciał zostać architektem, ale w ostatniej chwili zdecydował się na studia aktorskie. Po dyplomie przez cztery lata grał na deskach warszawskiego Teatru Klasycznego, a potem w Teatrze Komedia.
Już na początku lat 60. wystąpił w telewizyjnym Studiu Poetyckim Andrzeja Konica. Grał w zrealizowanych dla potrzeb Teatru Telewizji przedstawieniach dramatów m.in. Tomasza Manna, Stanisława Wyspiańskiego, Williama Shakespeare'a, Roberta Sherwooda.Na dużym ekranie debiutował rolą zbójnika z bandy, która napada na Helenę (Pola Raksa) i Rafała (Daniel Olbrychski) w "Popiołach" Andrzeja Wajdy. Zasłynął dzięki roli tytułowego bohatera serialu "Janosik" (1973).
Na początku lat 80. wyjechał do Australii. Przez ponad 15 lat nie występował na polskich scenach teatralnych ani przed kamerami. Po powrocie do kraju, w latach 1998-2003 był dyrektorem Teatru im. Adama Mickiewicza w Częstochowie.
Zmarł w swoim mieszkaniu w Częstochowie. Jak wynika ze wstępnych ustaleń funkcjonariuszy i wezwanego na miejsce lekarza pogotowia, aktor zmarł najprawdopodobniej z przyczyn naturalnych.