Od 1980 roku nieprzerwanie jest członkiem NSZZ "Solidarność".

W latach 1981-1984 był wicedyrektorem, a w latach 1984-1993 dyrektorem Instytutu Socjologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Od 1981 roku był kierownikiem Zakładu Socjologii Wiedzy i Świadomości Społecznej, a ostatnio Zakładu Metodologii Socjologii. Od 1999 roku wykłada też w Szkole Wyższej Psychologii Społecznej w Warszawie, gdzie w latach 2001-2003 był dziekanem Wydziału Nauk Humanistycznych i Społecznych. Od 1991 roku pracuje także w Instytucie Studiów Politycznych Polskiej Akademii Nauk.

Ziółkowski jest członkiem Polskiego Towarzystwa Socjologicznego, Komitetu Socjologii PAN, Kapituły Nagrody Naukowej Miasta Poznania. Od 1992 roku jest także przewodniczącym Komisji Nauk Społecznych Polskiego Komitetu ds. UNESCO. Od 1997 roku sprawuje funkcję konsula honorowego Republiki Francuskiej w Poznaniu.

Był członkiem założycielem Partii Chrześcijańskich Demokratów, następnie Porozumienia Polskich Chrześcijańskich Demokratów. Do końca 2003 roku należał do Stronnictwa Konserwatywno-Ludowego - Ruch Nowej Polski.

Dziś jest senatorem Platformy Obywatelskiej. W wyborach we wrześniu 2005 roku zdobył ponad 120 tys. głosów.

W grudniu 2005 roku został wybrany wicemarszałkiem Senatu.

W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz drugi uzyskał mandat senatorski (najlepszy procentowy wynik wśród wszystkich wybranych senatorów).
5 listopada 2007 ponownie został wybrany na funkcję wicemarszałka Senatu.

Jest profesorem socjologii. Ukończył studia na Wydziale Ekonomiczno-Socjologicznym Uniwersytetu Łódzkiego oraz na Wydziale Filozoficzno-Historycznym tej samej uczelni. Od 1974 roku wykłada na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.