Chodorkowski zaczynał w końcu lat 80. od handlu komputerami. W 1988 r. był współzałożycielem Innowacyjnego Banku Postępu Naukowo-Technicznego, przemianowanego później na Mienatiep (pierwszego prywatnego banku w Rosji po 1917 r.).

Był wiceministrem paliw i energetyki Federacji Rosyjskiej. Jak większość oligarchów, załapał się na promocyjną sprzedaż państwowych firm. W 1995 r. Menatep kupił od państwa Jukos za "symboliczne" 309 mln USD, ale też stworzył z niego najdroższą i najbardziej przejrzystą do niedawna rosyjską firmę naftową.

W styczniu 2003 r. podczas spotkania z Władimirem Putinem Chodorkowski rzucił prezydentowi wyzwanie, wskazując na korupcję, jakiej - jego zdaniem - dopuszczał się państwowy koncern naftowy Rossnieft. "Odbijam piłeczkę. W jaki sposób Jukos zdobył swoje zapasy ropy naftowej?" - ripostował Putin. Dziesięć miesięcy później Chodorkowski został zatrzymany (wcześniej zdążył się jeszcze narazić ponownie Putinowi, snując plany kariery politycznej).

W maju 2005 r. sąd skazał go na dziewięć lat kolonii karnej (później złagodzono wyrok do ośmiu lat) za przestępstwa podatkowe. W lutym 2008 r. podjął strajk głodowy, na znak solidarności z chorym na raka i AIDS byłym wiceprezesem Jukosu Wasilijem Aleksanianem, któremu, jako więźniowi, odmówiono specjalistycznego leczenia.

Do niedawna najbogatszy człowiek Europy Środkowej i Wschodniej, zdaniem własnych adwokatów, nie ma już praktycznie żadnego majątku. Ale Chodorkowski zdołał zabezpieczyć część swej fortuny, gdyż kontrolę nad Mienatiepem przekazał w styczniu 2005 r. przebywającemu w Izraelu Leonidowi Niewiezlinowi (ten były udziałowiec Jukosu jest poszukiwany przez rosyjską prokuraturę). Tylko w latach 1999-2002 Mienatiep, jako większościowy udziałowiec Jukosu, otrzymał prawie 2,2 mld USD dywidendy. Na liście 100 najbogatszych Europy Środkowej i Wschodniej tygodnika "Wprost" w 2005 r., z majątkiem szacowanym na 0,5 mld USD, zajmuje 71. miejsce.

Studiował w Instytucie Gospodarki Narodowej im. Plechanowa