W 1977 roku ukończył studia na Wydziale Polonistyki Uniwersytetu Warszawskiego w zakresie kulturoznawstwa. W 1986 roku obronił pracę doktorską z socjologii kultury. Specjalizuje się w zarządzaniu zasobami ludzkimi.

W czasach PRL-u współpracował z opozycją demokratyczną. W 1990 roku objął stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Pracy i Polityki Socjalnej w rządzie Tadeusza Mazowieckiego. Rok później został ministrem pracy i polityki socjalnej w rządzie Jana Krzysztofa Bieleckiego. W wyborach parlamentarnych w 1991 roku uzyskał mandat posła na Sejm I kadencji Kongresu Liberalno-Demokratycznego. W Sejmie pracował w Komisji Kultury i Środków Przekazu oraz Komisji Polityki Społecznej. W rządzie Hanny Suchockiej ponownie został wiceministrem pracy i polityki socjalnej - funkcję tę pełnił do 1993 roku.

W 1992 roku Boni znalazł się na tzw. liście Macierewicza, zawierającej nazwiska tajnych współpracowników UB i SB. Boni zaprzeczył wówczas współpracy z peerelowskimi służbami i zapowiedział wytoczenie procesu Antoniemu Macierewiczowi. Po zwycięskich dla PO wyborach w 2007 roku typowany na ministra pracy Boni przyznał się jednak do współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa - oświadczył, że w 1985 roku podpisał zobowiązanie do współpracy z SB zmuszony do tego szantażem (funkcjonariusze grozili ujawnieniem jego zdrady małżeńskiej i zamknięciem jego dziecka w milicyjnej izbie dziecka). Zaprzeczył jednak, żeby przekazał SB informacje, które mogły zaszkodzić jego kolegom z opozycji.

W 1994 roku został członkiem Unii Wolności - kierował strukturami tej partii w województwie mazowieckim. W latach 1997-2001 kierował gabinetem politycznym ministra pracy i polityki socjalnej w rządzie Jerzego Buzka - Longina Komołowskiego.

Przed wyborami parlamentarnymi w 2007 roku współtworzył program Platformy Obywatelskiej. W styczniu 2008 roku został sekretarzem stanu w Kancelarii Premiera i szefem zespołu doradców Donalda Tuska. 15 stycznia 2009 roku powołano go na urząd ministra-członka Rady Ministrów i przewodniczącego Komitetu Stałego Rady Ministrów. 11 kwietnia 2010 roku został członkiem Międzyresortowego Zespołu do spraw koordynacji działań podejmowanych w związku z tragicznym wypadkiem lotniczym pod Smoleńskiem, powołanego przez premiera Donalda Tuska po katastrofie prezydenckiego Tu-154 w Smoleńsku.

Ukończył kulturoznawstwo na Uniwersytecie Warszawskim. Jest doktorem nauk humanistycznych