W czasach reżimu szacha Mohammeda Rezy Pahlawiego był działaczem opozycji. Współzarządzał Centrum Islamskim w Hamburgu. Po rewolucji islamskiej, która przekształciła Iran z monarchii konstytucyjnej w republikę islamską, został ministrem kultury i przewodnictwa islamskiego (1982-1992) oraz deputowanym do Madżlesu (parlamentu). W 1992 roku stracił stanowisko w rządzie i został dyrektorem Biblioteki Narodowej w Teheranie. Doradzał też prezydentowi Rafsandżaniemu.

Chatami był dwukrotnie wybierany na prezydenta Iranu. W 1997 roku odniósł zwycięstwo, zdobywając 69 proc. głosów, a w 2001 roku jego wynik wyborczy przekroczył 77 proc. Pomimo reformatorskich zapędów, udało mu się zrealizować tylko niewielką część programu, głównie za sprawą konserwatywnych polityków skupionych wokół Przywódcy Republiki ajatollaha Alego Chamenei. Ostateczny upadek reformatorskich zapędów prezydenta wiąże się z umieszczeniem Iranu na "Osi zła". Wyborcy, o swoim niezadowoleniu dali znać podczas wyborów lokalnych w 2003 roku. Do urn poszło jedynie 12 proc. mieszkańców Teheranu, a konserwatyści zdobyli 14 z 15 miejsc w radzie miejskiej, w której wcześniej wiedli prym reformatorzy.

W czasie rządów Chatami pojawiła się opozycyjna prasa, powstały również opozycyjne partie. Prezydent poruszał się po mieście autobusem, honorowo oddawał krew i głosił równość kobiet i mężczyzn. Po dwóch latach jego rządów pozamykano opozycyjne gazety, nasilono cenzurę, a liczba wykonywanych wyroków śmierci podwoiła się.