Piłkarską karierę rozpoczynał w Ajaxie Amsterdam. Z klubem tym w 1995 r. zdobył Puchar Europy i Puchar Interkontynentalny. W lutym następnego roku wywalczył jeszcze Superpuchar Europy. W 1997 r. przeniósł się do drużyny AC Milan, a następnie do Barcelony. W 2001 r. podpisał z tą drużyną kolejny kontrakt. Za rok gry, bez premii za mecze, otrzymywał ponad 3,5 mln USD.
W sezonie 2004/2005 grał w angielskiej drużynie Newcastle United. W 2005 roku przeszedł do hiszpańskiej Valencii a rok później do PSV Eindhoven. Patrick Kluivert po licznych problemach zdrowotnych związanych z kolanem nie był w stanie powrócić do swej optymalnej formy fizycznej. Klub PSV Eindchoven postanowił nie przedłużać kontraktu piłkarzowi. Od ostatniego sezonu (2007/2008) Patrick Kluviert gra we francuskim klubie Lille OSC.